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水上オートバイはその構造及び力学的特性により、他の乗り物にはない危険性を内包している。そこから生まれる緊張感も水上オートバイの魅力の一つではあるが、マナーやルールを無視する愛好家が極めて多く見受けられ、また、シーズン中の事故がマスコミで大きく取り上げられるため、「水上オートバイは反社会的である」というイメージが広がりつつある。 この項目では、その「水上オートバイの危険性」について、簡単に説明する。
まず、水上オートバイには、陸のオートバイと違いブレーキはない(一般的に船舶にはブレーキあるものの方が稀であり、停止する際には水の抵抗で停まる)。特性として低速走行時には特に不安定であり転倒しやすい。 ある程度以上のスピードになると安定するが、そのバランスは波の衝撃などによって崩れ、操縦者がバランスを制御しきれない場合は、操縦者の落水・転倒や、船体の転覆を招く。特に雨天時には視界が悪くなるので、 天候の変化に留意するとともに、やむを得ず雨天時に操船する場合は安全に低速で走行する必要がある。
また、水上オートバイは、陸上を走る二輪車と同様に、乗員を保護する箱構造を持たず、 むき出しのまま乗船するものである(ライフベスト(救命胴衣)の着用は義務であるが)ため、事故の際は、乗員は身ひとつで放り出され、衝撃を受け止めることとなるとともに水に触れるので体温が奪われやすくなる点に注意が必要となる。 しかも、いったん海に放り出された場合、意識がなければ溺死の危険性があり、仮に意識があっても、水上オートバイと離れたり、機関が作動しなければ、人間の力では岸まで自力で帰還することは極めて困難であることも危険性を増大させる要素である。
水上オートバイの持つ高い機動性も、危険を拡大する方向に向いうる。たとえば、水上オートバイは船舶と比べて小さいため、水面では目立ちにくい。漁をしている最中でも、隙間を縫って走る水上オートバイの進路を漁船がふさいだり、 水面で停船している漁船が直進する水上オートバイの進路をふさいだりすることによる衝突事故の多くは、漁船操船者が水上オートバイを見落したことによって発生するものである。水上オートバイは巡航を楽しむと言うよりターンを楽しむものであるため、 他の操縦者からすれば不必要かつ急な高速ターンをするために、予想しきれない行動ゆえの衝突事故を起こしやすい。
水上オートバイは、その手軽さから、モラルの低いライダーによる暴走や無資格者による未熟な操船が後を絶たず、地元住民や観光客に深刻な騒音被害を与えることがある。また、漁場近くで水上オートバイを操縦して漁場を荒らし、漁獲量を減らしたり、海水浴場近くで操縦したりして海水浴客との衝突事故を起こし、ライダーや海水浴客が死亡や重傷を負うといった事例も報告されている。海上保安庁や水上警察による取締りや、メーカーや愛好者団体によるマナー向上活動の取り組みはされているが、最終的には操縦者の人間としてのモラルの問題であるところが大きい。
また、水上オートバイの出す水流および排気ガスが環境面に与える影響も指摘されており、対策が講じられている。木曽川・長良川では水流が魚の産卵場所である川床を破壊しないよう、航行規制が行われるなどの取り組みがされている。また、排気ガスについては、従来水上オートバイの殆どが2サイクル機関という極めて環境負荷の高いエンジンを搭載していたが、近年は主要市場である米国の厳しい環境・騒音規制もあり、4サイクル機関(ヤマハMJ-FXなど)や環境対応型の2サイクル機関への転換、低騒音タイプの吸排気システムの装備が進んでいる。 2006年現在、日本国内でラインナップされている水上オートバイは20機種(ヤマハ7、カワサキ4、シードゥ9)あるが、販売の主流である3人乗りのランナバウトはすべて4サイクル機関を搭載しており、従来型2サイクル機関を搭載したものは4機種(すべて定員1名)と少数派になっている。
環境対応型の2サイクル機関には、エンジン燃焼室内に燃料を直接噴射して排気ガスの低公害化を図るもの(ボンバルディエSEADOO 3D-DIなど)と、電子制御式燃料噴射装置と排気管に備えた触媒装置の併用により排気ガスを浄化するもの(ヤマハMJ-GP1300R))があげられる。日本国内でも、琵琶湖では「滋賀県琵琶湖のレジャー利用の適正化に関する条例」(琵琶湖ルール)により、従来型2サイクルエンジンの使用が禁止(経過措置あり)されるなどの取り組みがなされており、従来型2サイクルエンジンの使用は減少していくものと思われる。